Wiederholt von der Kriegsunruhen des Dreißigjährigen Krieges und des nachfolgenden bremisch-schwedischen Krieges berührt, mehrfach belagert und besetzt, wechselden Landeshoheiten unterstellt, blieb das Haus doch in seiner Grundkonzeption erhalten. Im zweiten Stader Vergleich von 1742 wurde das Haus Blomendal aus seiner Verbindung zu Bremen gelöst und Hannover zugesprochen. Damit endete die über 300jährige bremische Herrschaft. Bei diesem Anlaß dürften auch an den Staatswappen, die sich am Außenmauerwerk des Hauses befinden, die bremischen Schlüssel herausgeschlagen worden sein.
Die älteste vom Kupferstecher Wilhelm Dilich um 1600 hergestellte Ansicht der Burg Blomendal zeigt, dass die Giebelseiten als gotische Treppengiebel ausgebildet waren. Ein von Schülern nachgebautes Modell der Burg im Blumenthaler Heimatarchiv macht die ursprüngliche Ansicht der Burganlage deutlich. Über den Umbau - Abbruch des Wehrturms, der Wehrmauer und der Toranlage - gibt es nur Vermutungen. Militärisch bedingte Beschädigungen sind ebenso wenig auszuschließen, wie ein durch den unsicheren Untergrund bedingter Verfall. Am wahrscheinlichsten gilt eine große Umbauaktion nach der Übernahme der Burg durch die Hannoversche Krone 1742. Seitdem war Blomendal nur noch Verwaltungs- und Gerichtssitz und eine Wehrbefestigung überflüssig.
Noch 1663 im schwedisch-bremischen Krieg ist der Befehl an die Besatzung überliefert, die Zugbrücke zu schließen. Ein gleichlautender Befehl "Die Zugbrücke schleunigst aufzuziehen und die Pforten zu verschließen" erging im März 1672 an den bremischen Vogt auf Burg Blomendal. Bis dahin darf die Burg als befestigte Anlage gesehen werden.
Die Wappen selbst geben Zeugnis von der ehemals engen Bindung des Hauses Blomendal an die Stadt Bremen. Der Wappenstreifen am Giebel des Torflügels zeigt Wappen der Bremer Bürgermeisterfamilien Köhne, Meier, Holler und Schumacher. Ein einzelnes Steinwappen im Innenhof erinnert an Dr. Joh. Georg Zepper, der von 1720 bis 1732 Drost auf Blomendal war.
Beim Übergang des Königreichs Hannover an Preußen 1866 kam auch Blumenthal unter preußische Verwaltung. Mit Landrat Paul Berthold wurde das Landratsamt des Kreises Blumenthal 1884 wieder auf Haus Blomendal eingerichtet. Im Zuge der Eingemeindung Blumenthals nach Bremen fiel die Burg Blomendal 1939 an Bremen zurück.